色々と効用のあるコーヒーですが、では全く害はないかというと残念ながらそうではありません。
基本的にコーヒーは胃にやさしい飲み物で、ドイツでは開腹手術をした患者さんが術後最初に口に入れる飲み物としてコーヒーを勧める病院もあるようです。
・消化性胃潰瘍
健胃効果のあるコーヒーですが、胃液分泌を促進するため消化性胃潰瘍を助長する働きもあります。
このような方やコーヒーを飲んで胃が痛くなる方はコーヒーを飲む量を控えてください。
・貧血
コーヒーに含まれるタンニンなどの成分は鉄イオンと結びついて難溶性の物質に変わります。
このため、鉄分の吸収を阻害してしまうことがありますので、貧血気味の方は食後30分はコーヒーを飲まないようにした方が良いでしょう。（良質なコーヒー豆を使用して適切に淹れたコーヒーならばこの影響は少ないはずです。）
・発ガン性
昔からコーヒーとガンの発生について色々取りざたされてきましたが、実際のところはどうなのでしょうか？
厳密に言えば、コーヒーの成分の中には発ガン性の疑いのあるものが少なからず含まれています。
2002年末現在話題になったものではアクリルアミドという物質がその代表です。
アクリルアミドはアミノ酸の一つであるアスパラギンとブドウ糖が高温で反応することで生成され、加熱調理した食品の多くに含まれています。
ごはんやパンにも含まれますが、最も濃度が高いのはポテトチップスです。
国立医薬品食品衛生研究所によると467〜3,544μg/kg含まれているそうです。
コーヒー（液体）に関しては詳しい数値がちょっと分からないのですが、
含有量はごく微量ですが含まれています。
単位の一つで１kg中に100万分の１g。一般的に使われるppm（part par million)はmg/kgで100万分の1ですが、これはppb（part par billion)で10億分の１になりますから極めて小さな値と言えます
国際ガン研究機関(IARC)による発ガン性分類によると、アクリルアミドはディーゼルエンジンの排気ガス等と同類の『2A（人に対しておそらく発ガン性がある）』にランクされています。なお、コーヒーは『2B（人に対して発ガン性を示す可能性がある）』に、カフェインは『3（人に対する発ガン性については分類できない）』にランクされます。となっていたのですが、
2016年6月18日 世界保健機関(WHO)及びその外部機関であるIARCが、25年に渡る1000以上の論文を再調査した結果、コーヒーに発がん性は認められず、むしろ20種以上のガンのリスクを減らすことが期待出来ると結論を出しました。
http://www.iarc.fr/en/media-centre/pr/2016/pdfs/pr244_E.pdf
コーヒー（ドリンク）の新しいランクは『グループ3（人に対する発ガン性については分類できない）』となります。
ただし、WHO及びIARCは、コーヒーに限らずお茶やスープなど、70℃(？)を超える熱い飲み物は咽頭癌や口腔癌の原因となりうると警告しています。
