色々と効用のあるコーヒーですが、では全く害はないかというと残念ながらそうではありません。
基本的にコーヒーは胃にやさしい飲み物で、ドイツでは開腹手術をした患者さんが術後最初に口に入れる飲み物としてコーヒーを勧める病院もあるようです。
消化性胃潰瘍
健胃効果のあるコーヒーですが、胃液分泌を促進するため消化性胃潰瘍を助長する働きもあります。
このような方やコーヒーを飲んで胃が痛くなる方はコーヒーを控えてください。
貧血
コーヒーに含まれるタンニンなどの成分は鉄イオンと結びついて難溶性の物質に変わります。このため、鉄分の吸収を阻害してしまうことがありますので、貧血気味の方は食後30分はコーヒーを飲まないようにした方が良いでしょう。（良質なコーヒー豆を使用して適切に淹れたコーヒーならばこの影響は少ないはずです。）
発ガン性
昔からコーヒーとガンの発生について色々取りざたされてきましたが、実際のところはどうなのでしょうか？
厳密に言えば、コーヒーの成分の中には発ガン性の疑いのあるものが少なからず含まれています。2002年末現在話題になったものではアクリルアミドという物質がその代表です。
アクリルアミドはアミノ酸の一つであるアスパラギンとブドウ糖が高温で反応することで生成され、加熱調理した食品の多くに含まれています。ごはんやパンにも含まれますが、最も濃度が高いのはポテトチップスです。国立医薬品食品衛生研究所によると467〜3,544μg/kg含まれているそうです。コーヒー（液体）に関しては詳しい数値がちょっと分からないのですが、ごく微量含まれているようです。
単位の一つで１kg中に100万分の１g。一般的に使われるppm（part par million)はmg/kgで100万分の1ですが、これはppb（part par billion)で10億分の１になりますから極めて小さな値と言えます
国際ガン研究機関(IARC)による発ガン性分類によると、アクリルアミドはディーゼルエンジンの排気ガス等と同類の『2A（人に対しておそらく発ガン性がある）』にランクされています。なお、コーヒーは『2B（人に対して発ガン性を示す可能性がある）』に、カフェインは『3（人に対する発ガン性については分類できない）』にランクされます。
追記：2016年6月18日
世界保健機関(WHO)及びその外部機関であるIARCが、25年に渡る1000以上の論文を再調査した結果、コーヒーに発がん性は認められず、むしろ20種以上のガンのリスクを減らすことが期待出来ると結論を出しました。
http://www.iarc.fr/en/media-centre/pr/2016/pdfs/pr244_E.pdf
コーヒー（ドリンク）の新しいランクは『グループ3（人に対する発ガン性については分類できない）』となります。
ただし、WHO及びIARCは、コーヒーに限らずお茶やスープなど、70℃(？)を超える熱い飲み物は咽頭癌や口腔癌の原因となりうると警告しています。
他にもコーヒーに含まれる成分にはカフェー酸と呼ばれるものがあります。この物質は先程の分類によると「グループ２B（人に対して発ガン性を示す可能性がある）」にランクされています。
ところが、このカフェー酸は抗酸化作用をもつことから、活性酸素を除去するような働きもあります。メリットもあればデメリットもあるということですが、実際にはコーヒーに含まれているカフェー酸の量で発ガン性を示すことはまずありえないようです。
ちなみに、この分類によると「グループ１（人に対して発ガン性を示す）」に分類されるものにはタバコなどのほかに女性ホルモン※4もランクされています。
※4
いわゆる環境ホルモンのことではなく、人間の体内にある本物のホルモンのことです。女性に限らず男性の体内にも存在し、生命の維持や新しい世代を生み出すのに必然のホルモンですが、強い発癌物質でもあります。
女性の更年期障害はこの女性ホルモンの分泌量が減ることによりおこります。急激な女性ホルモンの枯渇は様々な苦痛をもたらし、非常につらいものだと聞きます。ですから女性ホルモンを摂取することによりその苦痛を取り除くことができますが、乳がんの発ガン率がおよそ５〜１０倍になると言われています。
余談ですが、こうした事柄は人に限らず地球上の生物の基本設計が個体の存続を望むものではなく、“種”としての存続を目的としたものであると取ることができます。ひいて、このことは人が生きている限り「死」というリスクから逃れることはできない、即ち常にリスクは存在し『ゼロリスク社会』は存在しないことの最も単純な証明になると思います。
ただ、気をつけなくてはならないのは、『発ガン性の疑いのある物質が含まれている＝発ガンする』ことではないということです。上記の分類も絶対ではありません。どちらかと言えば物質の種類よりも含まれる量や摂取の仕方の方が問題となります。
アクリルアミドに関しては人間は何世紀も前から摂取してきているわけで、今更取り立てて騒ぐものではありません。そもそも人間の体の中では毎日がん細胞が生まれています。
このあたりは勘違いというか思い込みをなさっている方が結構いらっしゃるのですが、『１００％安全』という食べ物や飲み物（更に言えば物質）は存在しません。どんなに安全だと謳われている食べ物でも、摂り過ぎれば健康に害を及ぼします。要は程度の問題です。
これはコーヒーについても同様で、１００％安全ではないけれども、必要十分な程には安全である、と言えます。
これらの点を踏まえ、現実的にコーヒーに発ガン性はあるのでしょうか？
答えは限りなく『No』に近いといえると思います。実験室レベルでの話と現実の統計を取った疫学的結果は必ずしも同じではない、ということです。
コーヒーには前述したようにガンの発生を抑える物質も数多く含まれていますので、コーヒーを飲むことによるガンのリスクは通常考える必要は無いと言えるのではないでしょうか。
口臭
ニンニクなどの食べ物に起因する口臭予防効果があるコーヒーですが、逆に口臭の原因になることもあります。
コーヒーの成分が舌の表面に付着したまま口腔内のpHが下がると特有の口臭を発するようです。
コーヒーに限らずお茶などは多量に摂取するとその渋みの元（クロロゲン酸、タンニン）が唾液分泌を抑制し、口腔内が乾くことによってpHも同時に下がります。それによって口臭の成分が生成されるようですが、その特定の成分が何であるか私には分かりません。コーヒーに限って言えば恐らくフミン酸（腐植酸）が主な原因であるように思えますが確証はありません。
コーヒーを飲んで口臭が発生しやすい状況としては起床直後や空腹時など、元々唾液分泌が少ない状態などが挙げられます。食中食後であれば唾液分泌も盛んで口腔内のpHも安定しており、コーヒーに起因する口臭は殆ど起こりません（逆に食物由来の口臭を防ぐことが出来ます）
また、淹れたてのコーヒーより長時間保温したコーヒーの方が口臭を起こしやすいようです。
コーヒーやお茶に起因する口臭を防ぐには、飲んだ後、舌を動かすなど唾液分泌を促して口腔内のpHを上げるか、水を含み舌を口蓋にこすりつけるようにして残渣を洗い流すようにすれば良いと思います。
コーヒーは嗜好品であるため「コーヒー中毒」という言葉がありますが、タバコやアルコールのような中毒性や依存性はありません（子供の『おしゃぶり』のような精神に依存するものは除きます；）
もちろん度を過ぎて飲むのは良いことではありませんが、コーヒーは基本的に体にやさしい飲み物です。
ただし、体にやさしいのはあくまで『良質なコーヒー』です。煮詰まった珈琲、くず豆のたくさん入ったコーヒー豆や焙煎不良、酸腐したコーヒー豆から淹れた珈琲は効用が薄いばかりか胃腸に負担をかけますので注意してください。
